尤溪口原名溪尾、溪口尾，系尤溪河之尾端而得名。
溪尾原为一个江边小村落。
民国初期，属南平县管。
民国时期，闽江发展汽船航运，在此设站，尤溪县乃至闽中、闽西、闽北大部分出入货物，多在此转泊吞吐，成为一个繁华的小码头。
民国11年冬，地方军阀卢兴邦部在溪尾设厘金局。
民国14年卢部把溪尾更名为尤溪口，以此作为尤溪县收取各种货税的口岸，把原先河对岸叫尤溪口的改称为对面街。
民国26年2月，设坵敦堡，下有丘敦、尤溪口、竹峡吾峰山三个甲，属南平县坂南联保处（坂南联保处辖三个堡：坂头保、南溪保、坵墩保）。
民国31年正月，坵墩堡撤销改属南平县南溪保。
民国36年2月，尤溪口经省政府批准划归尤溪县，编入西溪镇（今西滨镇）。
1949年7月5日，尤溪和平解放后，尤溪口属县第三区（西洋区）。
1952年，土地改革时，尤溪口与附近的几个自然村合称尤墩乡。
1958年，公社化时成立尤墩大队，属卫星人民公社（今西滨镇）。
1959年，尤溪口镇属尤溪县西洋公社。
1972年5月，因尤溪县城至尤溪口公路干线建成；鹰厦铁路来福支线在闽江北岸经过，普通列车在尤溪口有停点上下旅客；闽江客货运轮船往返南平福州。
因此，人口不断增长，住宅区、商业区不断扩大，经省人民政府批准设尤溪口镇。
1988年7月，经省建委批准为内河港口城镇。
尤溪口作为闽江内陆港口镇，成为尤溪乃至三明对外交流的重要窗口，至上世纪80年代，镇里交通发达，商贾云集，繁华一时，有“小香港”之称。
1987年3月，随着国家重点工程水口水电站主体工程开工，作为库区的全淹没区，在距老尤溪口老镇30米的山顶上重建了新镇。
1989年，库区移民陆续搬迁。
1991年，老尤溪口镇基本完成搬迁复建任务。
1989年，水库蓄水，老镇区逐渐被淹，居民集体搬迁。
自此，闽江航道基本被截断，尤溪口港口码头功能尽失。
2006年1月，福银高速福建段通车，进一步弱化了镇里的交通区位优势，尤溪口镇发展进入了瓶颈期。
2019年，尤溪口镇获评国家AAA级景区，尤墩村被列为省级旅游村。
2020年，尤溪口镇成功入选第六批全国森林康养基地试点建设单位，被评为省级养生旅游休闲基地。
2021年，尤溪口镇被命名为省级森林城镇，并被授予福建省“水乡渔村”休闲渔业示范基地称号。
2023年，尤溪口镇被评为“中国最美幸福宜居典范镇”，尤墩村被评为福建省“金牌旅游村”。