1934年属第一区（城关）。
1937年为圣安、进贤乡的一部分。
1950年10月，属第一区。
1956年8月，属城关区。
1957年6月，属东坑郊区。
1958年11月，属东坑红旗人民公社。
次年，属东坑公社。
1961年7月，属延平公社和东坑公社。
1982年，设水南街道，属南平市人民政府城市工作办公室。
1991年6月，撤销城市工作办公室，属县级南平市人民政府。
1992年11月，撤销东坑乡，东坑、尤坑、八仙、上地、玉地、岭炳洋和罗源7个村划归街道管辖。
1995年1月，撤市设区，属南平市延平区。
1999年，撤销林钢、尤坑、沙门、后甲、鲤鱼洲5个社区。
2001年11月，水南铁路社区改为水南社区，撤销岭下桥社区，成立九峰社区。
2015年撤销院口社区，新成立了江南社区和世华社区。
2017年8月撤际头场成立际源村。