宋、元时期，属莆田县感德乡南匿里；明清时期，属莆田县四区南匿里；民国初年归省府直辖；1934年，属福清县九区；1935年，改为省辖特种区，属福清县四区；1940年，属莆田县南日乡；1943年，属莆田县南日乡五屿村；中华人民共和国成立后，属莆田县十三区五屿村、二十四区、南日区五屿乡；1957年，改为莆田县南日乡五屿高级社；1958年，改为莆田县南日人民公社五屿大队；1961年，改为莆田县南日人民公社小日大队；1984年，改为莆田县南日乡小日村；1993年12月属莆田县南日镇；2002年2月，属秀屿区南日镇小日村；2015年搬迁。