原属古田县境。
清雍正十三年（1735年）屏南建县后，县治设于双溪，属一都。
1914年，属县城中区。
1936年，属第一区，区公署驻双溪。
1940年，撤区设12个乡镇，设双溪镇。
1943年，全县合并为8个乡镇，设双溪镇。
1949年中华人民共和国成立后，属第一区，区公署驻棠口。
1950年9月，属第四区，区公所驻双溪。
1958年5月，撤区改设4个指导小组，设双溪指导组。
1958年9月双溪指导组更名为先进公社，1959年5月又更名为双溪公社。
1961年8月，全县划10个公社，设双溪公社。
1984年10月，撤人民公社建制，成立乡人民政府，改生产大队为村民委员会，其辖区称行政村，改生产小队为村民小组。
同年11月，改双溪乡为双溪镇，地名沿用至今。