西晋太康三年（公元282年）号东冶港，清光绪末年称马江尾，民国二年（1913年）设马江镇，1951年更名为马尾镇，因地处马江之尾而得名，隶闽侯县。
1956年，撤乡改镇，1958年改制为马尾人民公社。
1960年1月，从闽侯县划归福州市，隶属郊区行政办事处。
3月，撤销郊区行政办事处，复置马尾镇，隶属市人民委员会。
1962年1月，恢复郊区行政办事处，马尾镇隶属之。
1969年马尾镇改制为马尾公社。
1970年2月，与亭江公社、渔业公社合组为马江公社，直隶市革命委员会。
5月，马江公社改制为马江区，下辖马尾、亭江、渔业3个公社。
1972年1月，渔业公社划归市商业局水产站领导。
1975年4月，亭江公社划归郊区管辖。
1978年2月，撤销马江区并入郊区，复设马尾镇，连同马尾公社隶属郊区。
1982年8月，恢复马尾镇，拆郊区马尾镇和马尾公社成立马尾区，为市辖区之一，撤销马尾镇，设立马尾街道办事处，1995年10月国务院批复调整福州市市辖区的行政区域：马尾镇辖马尾街道办事处和马尾镇，从原郊区划入的亭江、琅岐和岐山镇的魁岐、建坂、龙门、双协、快洲5个村。
区人民政府驻地不变。
1996年1月市区行政区划调整后，从原郊区划入亭江、琅岐两个镇，马尾街道办事处更名罗星街道办事处。
1996年马尾区辖罗星街道和马尾、亭江、琅岐三镇。