唐时属闽县同乐乡施化里，宋时改属怀安县施化里，元代改属怀安县同乐东乡16都，明朝属侯官县同乐东乡52都，清朝属侯官县小北岭区。
民国时期，日溪乡为闽侯县新店区的密溪乡。
1941年，改为日溪乡。
中华人民共和国成立后，日溪乡属闽侯县八区(石牌区)，1962年初，划入福州市，属郊区北峰公社。
1970年属福州市北峰区，设日溪人民公社，1975年又属郊区。
1984年政社分开，改称日溪乡。
1996年，福州市区划调整，郊区改称晋安区，日溪乡归属晋安区。