东汉建安年初（196年），以年号建立建安县，水吉受其辖。
北宋治平三年（公元1066年）属瓯宁县为禾供里。
1913年建安、瓯宁县合并为建瓯县，先后为水吉镇、北区、九区、六区。
1938年为全省直辖的三个特种区之一。
1940年10月置水吉县，辖三镇十一乡，九十二保。
1949年解放后仍设水吉县。
1956年撤县并入建阳县，设水吉镇和郑墩区。
1958年9月改为水吉公社。
1966年改称红卫公社。
1968年复名水吉公社。
1984年9月改水吉镇至今。