旧称“百崎铺”，宋时属崇武乡太康里（22都）；元明时期属全县四乡之一的行满乡辖下的太康里23都，一直沿用。
1928隶属全县12个区之一的后港区；1934年全县改编为10个区，即归属于东园区；1935年8月全县划为8个自治区，即隶属于第三自治区（东园后港合并）；1936年5月全县成立4个区属，及隶属于涂寨；1937年4个区属调整。
即隶属于东园；1941年全县分为3个乡公所，即隶属于第二区公所（涂寨），是全县30个乡镇之一的白崎乡；1943年裁撤区公所，全县编为16个乡镇，即隶属于东园（先称乡后改镇）；1947年全县重新整编，及隶属于后港乡；1949年9月隶属第五区；1955年5月属东园区，1958年10月隶属上游人民公社东园管理区；1961年9月属东园人民公社；1984年10月属东园乡人民政府；1989年10月13日省府批文从东园分割出来组建百崎回族乡，1990年8月百崎回族乡人民政府挂牌成立。