宋属龙溪县永宁乡新恩里一都、二都、三都,,简称三都。
明嘉靖四十五年（1566）为海澄县第四里第三都。
清设5保：永昌保、集兴上半保、集兴下半保、崇隆保、新垵保。
1940年海澄县划为四区，三都地区属第四区，驻海沧，领1镇2乡：沧江镇、金钟乡、新霞乡。
1942年7月海澄县第四区改海沧区。
1945年撤海沧区，沧江镇、金钟乡、新霞乡海澄县。
1946年5月三都辖海沧乡、金霞乡。
1955年第四区改名海沧区，辖海沧、囷瑶、锦里、石塘、新垵5乡。
1958年4月撤海沧区。
1958年海澄县与龙溪县合并为龙海县，原海澄县海沧乡、新垵乡划归厦门市郊区，设海沧公社，1984年改乡，1986年12月改镇。
1997年1月从杏林区划归海沧台商投资区，2003年8月厦门市行政区划调整，杏林区更名为海沧区，仍辖之。
2006年1月撤海沧镇置海沧、新阳两街道办事处。