民国二十九年（1940年），十三陵地区属昌延联合县第三区。
民国三十四年（1945年），十三陵地区属昌平县一区、二区。
民国三十七年（1948年），十三陵地区属昌顺县第一区。
1949年4月，十三陵地区分属昌平县一区、二区。
1950年3月，十三陵地区属一区、九区。
1953年7月，十三陵地区建区辖乡。
1956年3月，撤区并乡，称长陵乡。
1958年8月，为十三陵人民公社，驻长陵村，乡改为工作站。
1959年7月，十三陵地区建十三陵农场，属北京市农场局，驻北新村。
10月，十三陵农场、长陵工作站、黑山寨工作站合并成立十三陵人民公社（农场），驻长陵村。
1961年5月，十三陵地区建泰陵园、长陵和泰陵3公社。
1963年2月，泰陵园人民公社与十三陵农场合并为十三陵人民公社（农场），驻胡庄。
1966年5月，泰陵公社并入长陵公社。
1982年12月，长陵公社改乡。
1997年12月，长陵乡改镇。
1998年9月，十三陵农场划归昌平县，改十三陵乡。
1999年12月，十三陵乡改镇。
2011年9月，长陵镇22个村并入，形成现今辖区。