历史上，磨店属于合肥县东乡。
1949年1月21日，合肥解放，2月1日根据江淮区党委的决定，将合肥县析为合肥市、肥东县和肥西县，磨店归属于肥东县。
起初，那里为江淮解放区第五行政区管辖，同年4月划归巢湖专区，1952年3月属滁县专区，1956年1月属蚌埠专区，1958年7月属合肥市，1961年4月属滁县专区，1965年7月属巢湖专区。
1983年7月复属合肥市肥东县。
1983年至1993年属肥东县磨店乡，1993年与肥东县三十埠乡合并，1996年底由原来的三十埠乡划为龙岗镇和磨店乡，2002年，磨店从肥东县划归了合肥市瑶海区。
2010年，磨店又从瑶海区划到了新站区。
至今无变动。
2010年10月区划前，乡域总面积37.4平方千米，辖4个村、7个社区，人口1.75万人（不含职教基地入驻师生）；区划后，从肥东县众兴乡划入漕坊、沿河、八联3个村，从肥东新城开发区划入和平村，乡域总面积增至61.4平方千米，常住人口增至3.4万，辖8个村、7个居委会。
2017年撤销磨店乡，成立磨店街道，由新站高新技术开发区托管。