西汉建元四年（前137）设龙亢县，属沛郡；东汉时属沛国，西晋时属谯国淮南郡；东晋时龙亢县南迁至历阳（今和县），北魏及唐初在原地安置龙亢县，唐武德六年（623），侨置于和县的龙亢县废，保留涡河流域原地的龙亢县。
南宋时，宋室南迁，龙亢县废；元、明、清属怀远县；是怀远县西部的重镇，清乾隆二十一年（1756），清政府在龙亢设二衙。
1950年设龙亢区；1992年撤区并乡，全区7个乡合并为3个乡、镇；2004年撤乡并镇将项桥乡纳入龙亢镇至今。