该镇1931年为灵璧县南二区（区公所驻连城集）的新马桥联保管辖；1949年属于连城乡及仁和集乡的部分辖地划给五河县；属于韦店、新马桥两乡及仁和集乡的另一部分辖地划给怀远县。
至此该区分别由五河、怀远、灵璧三县管辖；1955年设王岗、陆圩、殷楼、张店、连站、仁和集、新马桥、黄圩、芦沟、连城10个乡；1945年新马桥联保改为新马桥乡。
建国后仍设此乡，1958年建新马桥公社，由新马桥、卢渡两个大队组成；1959年改为淝光公社；1962年再设新马桥公社；1965年从怀远县划归固镇县；1969年并入连站、新马桥两公社；1980年调整社队规模时，新马桥、连站两社划为7个公社；1983年改为新马桥乡；1992年撤区并乡时，新马桥合并韦店、仁和集两个乡成立新马桥镇；2004年5月行政区划调整，原磨盘张6个村1个居委会整建并入今天的新马桥镇。