宋至清初，称深水山和莆岙山。
宋乾道《四明图经》卷七：“深水山，在县东北九百五十里”“莆岙山，在县东北九百五十里”。
明嘉靖《筹海图编》卷一载为“莆岙”。
嘉靖《两浙海防类考》：“若东北风急，则过落星头而入深水、蒲岙，到蒲岙而风转东，则入大衢沙塘岙而进长涂……此陈钱向正西之程也。”据考证，深水岙乃现南港附近区域，莆岙也作蒲岙，乃今峙岙附近区域。
明末以来，多称黄龙山、大黄龙山或黄陇山，清光绪《崇明县志•汛地图》载为“大黄龙山”，以其西侧的小黄龙岛派生得名。
1934年以大黄龙岛南部区域设黄龙乡，属定海县。
以主岛大黄龙岛得名。
1949年7月至1950年5月属滃洲县。
1951年划入大黄龙岛北部的峙岙、黄沙岙、大岙等村，属嵊泗县，自此结束大黄龙岛分属江苏、浙江两省的历史。
1953年改为黄龙生产大队。
1962年设黄龙公社。
1984年复设乡。