宋元时，东林镇区（含锦山）及周围一带村坊属归安县长寿乡，青山集镇及周围一带村坊属乌程县永新乡[清同治《湖州府志》卷四引宋嘉泰《吴兴志》、1947年1月吴兴县文献委员会出版《吴兴县行政区划沿革》]。
明清时，属乌程县一区、归安县十八至二十区。
1912年初，属中锦镇、菁山乡。
1935年扩并乡镇，辖境为东林乡、锦骧乡、泉溪乡、保山乡和石麟乡南部、菁山镇。
抗战胜利后，东林、锦骧、保山三乡和石麟乡南部合并为东林乡。
中华人民共和国成立初为东林、东保、锦山、泉溪、菁山五乡，属吴兴县。
1956年4月，东林、东保、锦山、泉溪四乡并为东林乡。
1958年10月，为菱湖公社东林、东保、东华、锦泉4个生产管理区。
1961年改建东林、锦山、菁山3个公社。
1983年11月属湖州市郊区，1984年2月改乡，1988年11月撤郊区直属湖州市。
1996年1月，东林、锦山撤乡建镇。
1999年10月，锦山镇并入东林镇。
2001年6月，青山乡并入。
2003年1月11日，属吴兴区。