远古为苴族腹地，西周属巴国领地，春秋属蜀国辖区，春秋末期归苴国管辖。
公元前316年秦统巴蜀后，宝轮成为秦国蜀郡葭萌县的管辖区域。
东汉末期属梓潼郡汉寿县辖区。
东晋太元十五年（前390），属晋寿郡益昌县辖区。
西魏划归利州西晋寿郡京兆县辖区。
北周归利州晋寿郡益昌县管辖。
明末置宝轮堡、龙王沟堡、苟村坝堡、梨树屯堡，属昭化县清和里。
1915年，置昭化县宝轮院团区。
1935年4月，红四方面军在白田坝建立赤化县苏维埃，在宝轮院建立了区苏维埃。
同年6月置宝轮联保，1940年8月改宝轮联保为宝轮镇，1941年改宝轮镇为宝轮乡。
1945年撤销宝轮乡，建立昭化县宝轮第四指导区，辖白家、建峰、碾子、楼子、凉水、七佛6个乡。
1946年撤销昭化县宝轮第四指导区，划出梨树、小岭、红星、泥窝村，复名宝轮乡。
1947年为昭化县直辖乡，增辖盘龙、曲回、石龙3个乡。
新中国建立后，昭化县将原旧制改为四个县辖行政区，改第四指导区为宝轮区。
1951年10月，昭化县政府迁至宝轮院，改宝轮区为昭化县第一区并复置宝轮乡。
分宝轮乡西境置白马乡，分宝轮乡西南境置白田乡，分宝轮乡东境置郭家乡，分盘龙乡西境置石龙乡，分大朝乡北境置梨树乡。
1952年分宝轮乡西境置石桥乡，分白马乡东境置范家乡。
昭化县第一区直管宝轮乡、白马乡、白田乡、郭家乡、石龙乡、梨树乡、石桥乡、范家乡等9个乡。
1953年撤宝轮乡，建置宝轮镇，只辖三个居委会，将宝轮乡所辖的各村划归石桥乡。
1955年改昭化县第一区为宝轮区，撤石桥、梨树两乡并入白田乡，撤郭家乡并入石龙乡，宝轮区辖1镇10乡。
1956年11月，根据绵阳专署通知，撤销宝轮区公所，所属1镇6乡为昭化县直属乡镇。
1958年，撤销下寺区公所，恢复宝轮区公所，下寺区公所代管的乡划归宝轮区。
1959年3月，撤昭化县并入广元县，复置宝轮区公所，辖宝轮片区8个乡。
1985年广元撤县建市后，宝轮区划归广元市市中区。
同年10月，撤销宝轮区公所、宝轮镇及宝轮、石龙2乡，建立区级宝轮镇，广元市直辖；组建宝轮工作委员会，辖普广、赤化、白马、罗家、范家5个乡和下寺镇。
1986年3月，撤销宝轮工作委员会，所辖的5乡1镇由宝轮镇代管。
1987年1月，由宝轮镇代管的5乡1镇划归中心区公所。
1990年分宝轮镇东境置石龙乡，1991年9月将宝轮镇改建为市中区宝轮办事处。
1992年9月，撤销宝轮办事处，恢复宝轮镇，撤石龙、范家两乡并入宝轮镇，属市中区。
2013年5月将宝轮镇石龙村、肖家村、白龙村划归经开区石龙办事处管辖。
2007年属广元市利州区。
2019年12月23日赤化镇并入置宝轮镇。