1949年属五区（东村）下辖的一个行政村；1953年属五区（东村）下辖的一个乡；1954年属直属乡下辖的自然村；1956年属城关乡下辖的一个农业社；1958年属城南乡下辖的一一个生产大队；1959年属城关人民公社下辖的一个管理区；1961年属城关人民公社下辖的一个生产大队；1984年属城关镇下辖的村民委员会；2001年曹村乡并入城关镇，同时改名为丰州镇；瓦窑科村民委员会属于丰州镇管辖至今。
2017年撤并行政村，将南村并入瓦窑科村。