1942年8月属吴旗县长官庙乡；1949年10月属华池县长官庙乡；1950年4月属吴旗县长官庙乡；1956年3月属吴旗县长官庙乡；1958年11月志丹县成立长官庙人民公社长官庙生产大队；1961年9月属吴旗县长官庙人民公社；1984年5月政社分设，更名为长官庙行政村，1988年更名为长官庙村民委员会，属长官庙乡。
2009年属长官庙镇。
陕民发〔2014〕53号文件撤销黄岔村，并入长官庙村，村委会驻地长官庙。