清代，岚皋行政区划为东、西、南、北4乡，计50保，铁佛寺为西乡。
中华人民共和国（1912年），废清制，设东、西、南、北、中5区，计32保，铁佛寺为西区。
1939年，联保改乡，设铁佛乡。
岚皋解放后，废民国乡镇制。
1949年12月始相继设7区，铁佛以区公所驻地命名为铁佛区。
1982年，省地名委员会批准铁佛区更名为石门区，辖铁佛乡、立新乡、榨溪乡、八一乡、小沟乡。
1990年，辖铁佛乡、立新乡、榨溪乡、八一乡、小沟乡。
1996年12月，乡镇机构改革，撤区并乡，经省市县委批准撤区并镇，更名为石门镇，将原石门区的铁佛乡、立新乡、小沟乡和官元区的红光乡划并为石门镇。
原石门区管辖的榨溪乡、八一乡划归民主镇和堰门乡。
全镇辖26个行政村。
1998年，对村级行政区划进行调整，将26个行政村合并为23个行政村，金竹村并于铁佛村，泉坪村、柳林村并于红岩村，乡镇维持原建制不变。
2002年，再次对村级行政区划进行调整，又将平河村并于芙蓉村，银盆村并于新生村，古泉村并于三湾村，潘家湾村并于双村村。
2004年三岔村合并于庄房村，迎春村并于新仓村。
2010年末，全镇辖14个行政村和1个社区。