春秋时期属卞邑。
西汉初期属桓宣县。
三国时期属南武阳县。
南北朝时属武阳县。
唐贞观元年(627年)属费县。
1945年10月，属蒙山县。
1952年3月，蒙山县撤销，其第一至第四区及所辖73个乡镇划入平邑县，设九区仲村镇。
1953年10月24日，九区仲村镇划设为区辖镇。
1955年11月，九区改为仲村区。
1958年3月，撤区并乡，为仲村乡，同年冬，撤销乡镇建制，全县建立“政社合一”的人民公社，仲村乡更名为红风人民公社。
1959年3月，改为仲村人民公社。
1961年5月，撤社设区，区下设公社，以驻地命名。
仲村人民公社更名为仲村区。
1971年4月，复称仲村人民公社。
1984年4月我国实行“政社分开”，改为仲村区。
1985年8月，仲村区析建为仲村镇和李家庄乡。
2000年12月，岐山镇并入仲村镇。