东阿镇历史悠久、地势东高西低，旧《东阿县志》记载“东阿古之名邑也。
会盟争战，废垒遗墟，具于经史者不一而足，东阿为南北冲衢，四通八达，东南负山，西北踞河，自古为兵家必争之地。”春秋时东阿镇为古谷城，明清时是东阿县的旧治，东阿县城遗址历历在目。
谷城亦名柯邑。
春秋战国时期，初属卫国，后归齐地，齐桓公北杏会盟，曹沫劫盟均发生在这里，齐王曾派柯大夫尹子奇来东阿治邑。
旧《东阿县志》记载，汉时东阿、谷城二邑并建，也是各据一城。
自从北齐时期，省（去）谷城入东阿，谷城随不置，城已成墟。
谷城邑改为镇，横垣郭门（东阿城东门）。
为避水患，1975年陆续迁于小泰山东麓，1976年，东阿古城基本成为一片废墟。
明洪武八年（1375）东阿县城迁东阿镇，直到1948年隔河而治，县城移居铜城镇后，东阿镇划归平阴县管辖。
1951年又改为平阴五区。
1956年撤区并乡，1958年9月21日为东阿镇，同年10月初调整为东阿公社，1962年1月平阴县与东平县分置，调整为东阿人民公社，同时设立人民公社党委。
1958年10月，东阿、洪范、旧县3处人民公社合并为东阿人民公社，1962年将旧县、洪范两公社分开，1963年1月，建立太和人民公社，是年6月撤销，并入东阿人民公社，驻地东阿城南门里。
1976年3月27日东阿公社设立西城、东城、北市、太平、太和、直沟6个管理区。
1984年5月撤销人民公社体制设区，东阿公社改称东阿区，辖一镇两乡（东阿镇、白塔乡、太和乡）。
1985年9月20日，撤区并乡，东阿镇沿用至今。