1933年7月伪满时期隶属代铜区范围。
1939年把区、镇改为村、屯，当时宝日勿苏属于翁根村。
1948年宝日勿苏被划分在翁根努图克。
1957年5月更名改建为宝日勿苏苏木。
1958年11月设宝日勿苏人民公社。
1961年原宝日勿苏人民公社划分为宝日勿苏人民公社与巴彦查干人民公社。
1984年春改建为宝日勿苏苏木。
1988年8月30日根据内蒙古自治区民政（1988）第74号文件批复，改设为宝日勿苏镇。
2001年6月与洪格尔苏木（1984年将巴彦查干公社更名为洪格尔苏木）合并建立宝日勿苏镇，政府驻地设在宝日勿苏嘎查，沿用至今。