唐朝时薛丁山这妻樊梨花曾在此山扎营巡逻，留下马蹄印而得名；清时设马嘶山塘，归正北路所辖。
后改保甲乡里为团，实行联保甲制。
马蹄山归五区（两河口）民团所辖；民国20年（1931年）贺龙率红三军来房县开辟均房苏区，建立苏维埃政权，设马蹄乡长，机关住马蹄山，归大木区苏维埃政府辖；1932年民国房县伪政权复辟，区政府遭破坏；民国25年（1936年）五区设马金洞，马嘶山乡归五区所辖；民国24年（1935年）撤区乡，恢复联保制，设马嘶山联保归五区（土城）辖；1949年全县解放；1951年设马蹄山生产大队；1956年3月设大马乡，马蹄山归大马管辖；1958年11月，根据中共中央关于农村建立农村人民公社的决定，马蹄山大队归大马管理区辖，属通省公社管辖；1961年6月通省增设土城人民公社，归土城区所辖；1975年3月撤区并社，归土城公社管辖；1981年3月设区建乡，马蹄山村归土城区大马乡管辖；1984年设立村民委员会，将土城区通省，马蹄山，东浪，黄杨树划出组成通省乡。
马蹄山村归能省乡所辖；2003年合组并村，将原五条沟村，杨家山村，小河村，马蹄村合并为为马蹄山村委会。