清光绪二十七年（1901），有尹乃廷、单玉奇5户垦民来此合买官地九“井”（每井为36方）垦殖立屯，取名“五福堂”。
翌年，因“五福”与“无福”谐音，故改名“九井屯”。
中华人民共和国时期，隶属讷河县第二区管辖。
东北沦陷后，初隶讷南镇区，1938年1月改设九井村。
1945年“九三”抗日战争胜利后，隶属讷南区，后改隶第六区管辖。
1949年9月，从第六区划出增设第十三区，1955年5月改为九井区。
1956年4月，撤区划乡，分设九井、谦益、育民3个乡。
1958年9月，将3个乡合并成立运河人民公社，翌年3月改称九井公社。
1984年4月，改为九井乡。
1996年9月，改为九井镇。
名称沿用至今。