2010年得名沿用至今。
1958年建高屯大队，1985年更名为高屯行政村。
以小高屯和高王屯中位置而得名。
民国32年（1943年），石阡实行新县制，废除之前的的区级组织，设置乡镇保甲。
设立乐回乙级乡。
1950年2月行政区划调整，设立三个区18乡镇。
隶属三区。
1950年7月，改置3区为6区1镇。
隶属六区。
1953年，设立本庄区高王乡。
1958年，高王乡改称高王公社；高屯村改称高屯大队。
1984年，高王公社改称高王乡；高屯大队改称高屯村。
期间隶属本庄区高王乡（公社）1992年“撤并建”，由本庄区的高王乡、河坝场乡、永和乡合并，设置河坝场乡。
2003年全县推进“撤小村并大村”工作，高屯村并入高王村。
2010年，经石阡县人民政府石府复[2010]76号批准，全乡再次对行政村进行调整，恢复高屯村。
1991年至2014年隶属河坝场乡。