清初，有人垦耕，属黄旗都。
清宣统二年（1910年），属第九区。
民国十九年（1930年），第九区改称东海区。
民国二十年（1931年），复称第九区。
1953年，属第七区。
1955年8月，第七区易名南头区（含今东凤镇）。
1957年，撤区时与东凤分家，称南头乡。
同年，成立南头公社，同年冬并入小榄公社。
1958年，复分，同时划出存沙大队归中山糖厂。
1961年，与东凤复合时称南头区，1963年，复称南头公社。
1974年春，复分。
1983年，复称区。
1986年12月，起称南头镇。