石扇镇因地理关系，区乡镇行政的设置都比较专一。
清康熙年间，全县设36堡，石扇设立石扇堡，辖六约。
民国二十年（1931年），属梅县第二区管辖。
民国二十九年（1940年），改为石扇乡，下辖17保。
1949年，中华人民共和国成立后为石扇区。
1950年3月，并入城北区，设石扇乡，村建制不变。
1952年3月，石扇恢复区的设制，称第三区公所。
1956年，撤区并乡，称石扇乡人民政府。
1958年11月，成立人民公社，称石扇公社，下设12个生产大队，大队下设生产小队。
1958年冬，梅蕉合县，并入新铺公社，石扇设管理区，各大队、生产队未变。
1961年，分出蕉岭县，恢复石扇公社。
1968年4月，改称石扇革命委员会。
1980年，撤销石扇革命委员会，称石扇公社。
1983年，取消人民公社建制，称石扇区公所。
1987年5月，废区设镇，称石扇镇人民政府。