南宋末年麦氏先祖随文天祥抗元来广东地区，战后在当地安家落户。
明洪武年（1381年）麦氏南溪公由东莞长安迁徙，于明永乐年（1423年）在合水口开基立村。
1949年10月合水口村属于宝安县公明乡管辖。
1961年7月，合水口一分为三，分为上屯、中屯、下屯三个大队，属于公明人民公社。
1963年2月，公明公社又将其合并为合水口大队。
1979年1月，宝安县升格为深圳市后，公明公社归属当时的市设七区之一松岗区。
1983年公明公社更名为公明区，成为宝安县派出行政管理部门，合水口设立乡政府。
1993年1月原深圳市宝安县公明镇合水口村改为深圳市宝安区公明镇合水口村。
2004年7月，因城市化改制，更名为合水口社区居委会，名称沿用至今，隶属马田街道。