西汉至十六国“五凉”时期，清源镇境域属武威郡姑臧县。
北魏至隋初，属武威郡林中县。
唐宋年间，复归姑臧县。
元时，属永昌路西凉州。
明清时期，先后归凉州卫和武威县。
民国元年（1912年）后，分属武威县白塔、大河乡。
1949年9月，属白塔、大河区。
1952年7月，属第十四区（清源）。
1956年1月，为清源乡。
1958年10月，由清源、清水、长城乡合并成立清源公社。
1962年，分设为清源、清水、长城公社。
1983年7月，为清源乡，同时设立新地乡。
1986年1月，清源、新地乡合并设立清源镇。