1949年10月，境内设六工、八工、九工3乡，隶属第五区（瓜州区）。
1953年4月，八工乡分设为南岔、八工2乡，九工乡分设为九工、十工2乡。
1955年12月，六工、八工2乡并入南岔乡，十工乡并入九工乡。
1958年10月，南岔、九工乡并入五爱公社。
1959年7月，划归瓜州公社。
1961年4月，成立南岔、九工公社。
1964年6月，九工公社并入南岔公社。
1966年10月，南岔公社易名红旗公社。
1969年12月，恢复南岔公社。
1983年3月，改为南岔乡。
2003年1月，改为南岔镇。