据史料记载，流经鸿尾境内的溪流中曾经产鼋，得名“鼋溪”；人们把位于鼋溪两旁的几个村落统称“鼋里”，这应该就是当地最原始的名称。
唐末王穆源随王审知入闽后在此定居，后来乡人将鼋里更名为穆源，外乡人亦称穆源里。
宋时属侯官县永安乡的永兴、清化里和石门乡的归德里。
元、明时属永安乡的十九都、二十都、二十一都、二十二都和石门乡的十八都。
清末时称穆源区，民国时曾改为穆源乡。
1952年5月设十五区驻鸿尾村。
1955年7月十五区改鸿尾区，穆源从此更名为鸿尾，一直沿用至今。
解放初属于第十区，1952年为第十五区。
1956年春，与白沙、甘蔗、荆溪、竹岐合并为白沙区。
1958年由白沙区分出，成立鸿尾人民公社。
1984年改为乡建制。